1958年9月7日和11日两次炮击后，国民党见乞求美国护航已经不能达到预定目的，于是变换方式对金门实施补给，企图在岛上继续坚持下去，并仍想利用金门问题把美国拖入中国内战。美国在对新中国进行军事讹诈未收到效果的情况下，开始实行脱身政策，企图压迫蒋介石放弃金门、马祖，进而造成台湾和大陆在政治上的彻底分离。针对不断变化的复杂形势，中央、一面思考新的对策，一面要求人民解放军继续封锁金门，使国民党更加陷入困境，以加深美蒋矛盾，力从长远角度解决台湾问题创造条件。

9月13日，对解放军前线炮兵自月初以来开展的零炮射击活动加以肯定，电令参战部队炮兵全面开展这一活动，要求做到白天黑夜打零炮，每天24小时，特别是料罗湾3海里以内，打零炮（每天打二三百发），使敌昼夜惊慌，不得安宁，以增强全面封锁的效果。根据这一指示，福建前线炮兵在发现重要目标时才集中进行大规模炮击，而平时则转入零星炮击，使金门岛上的国民党军日夜都需要隐蔽在阴暗潮湿的坑道中，岛上的地面活动基本陷入停顿。

由于金门岛上的守军处境日益困难，急需补充粮弹和各种物资。9月13日，台湾国民党军又采用了一种新的运输方式，在天还未亮的凌晨用“美”字号运输舰进行偷运。但是运输舰在接近料罗湾时又遭到解放军猛烈的炮火射击，2艘“美”字号都中弹负伤逃回，补给再次失败。

鉴于由运输舰直接靠岸运输已不可能，国民党海军的运输人员想到了利用美国在第二次世界大战中常用的履带式水陆输送车（LVT，台湾军方俗称为“水鸭子”）。当时，解放军的海空军为了避免中美军事冲突奉命不出外海，而海岸边的炮兵人力射程也在2O公里左右，国民党海军以装载水陆输送车的大型运输舰于白天驶到金门以南解放军炮兵火力无法达到的海面水陆输送车装载货物后再从舰上下水，直接抢滩上岸卸载。9月14日，台湾国民党军首次试用这种补给方式，虽然17辆离舰抢滩的水陆输送车在解放军炮击中损失2辆，但是台湾当局认为还算成功，下令继续实施。与此同时，台湾当局又利用傍晚和夜间对金门守军进行空投，近海施放水陆输送车抢滩和空投，自此成为对金门实行补给的两项基本方式。

9月15日，中央军委对于封锁金门问题也作出新决定，强调：为了进一步封锁金门，炮兵要努力改进射击技术，重点打击驶进料罗湾的运输舰艇及卸载点，切实避免误击美舰，并加强对空投场的炮击；空军要加强大陆沿海上空的巡逻活动，掩护炮兵打击空投的国民党军运输机，并坚决打击进入大陆上空的国民党军战斗机；海军在确不误击美舰的前提下，夜间可予进入料罗湾的国民党军舰艇以打击。根据中央军委加强封锁的精神，从广州军区和其他单位抽调的地面炮兵、高射炮兵部队又陆续人闽，使参加炮击金门的地面炮兵部队达14个团另7个营又14个连，还有海岸炮兵8个连。

9月20日以后，美国又以军舰和航空兵为国民党军护航，不过护航的方式有所改变。美舰再度和国民党军舰混合编队，行驶至金门外海解放军岸上炮火射程之外停泊，再由国民党海军的运输舰放下水陆输送车，涉水上岸卸货。这样，解放军的炮兵已经无法炮击国民党军的舰只，而水陆输送车长度仅几米，目标甚小，又处于运动之中，火炮远距离射击很难命中。美军舰载战斗机则由停泊在台湾海峡的航空母舰上起飞，几乎每天都出动数十架次，掩护国民党空军的运输机飞抵距金门20公里以外的空域（正在中华人民共和国宣布的领海线以外），然后美机在外面巡逻掩护，国民党军的运输机则迅速飞入金门上空实行空投。这种补给方式，确实给人民解放军实施封锁带来了相当大的困难。

针对国民党补给方式的变化，解放军前线部队响应研究了对策。由于金门斗争牵涉到复杂的国际问题，军事行动必须服从政治斗争和外交斗争的需要，9月24日中央军委又向前线部队重申了“以炮击为主，海军空军在确实不误击美舰美机和有把握胜利的原则下相机作战”

的方针。当时，由于台风，海面涌大浪高，解放军海军快艇的吨位一般都只有几十吨，这类小艇出海已很困难，因此封锁任务主要由炮兵和空军担负。炮兵根据新的敌情研究了打击国民党的水陆输送车并封锁空投场的新战法；空军则寻找时机，在确保不同美机交战的情况下打击国民党军的运输机。

解放军炮兵为了有效地打击水陆输送车，将部分远射程的火炮和海岸炮前推，增大火力控制范围，迫使国民党军的运输舰在更远的海面停泊，使水陆输送车因增大航程更易遭受打击，同时，迫其在距岸更远的海中下水，在海浪中也容易发生沉没事故。此外，解放军炮兵经周密计算，在料罗湾各主要航道上及沿岸便于水陆输送车着陆的滩头，事先计划移动拦阻射击弹幕和不动拦阻射击火墙，一旦发现水陆输送车或小型登陆艇上岸，马上呼唤火力实施较准确的射击。开始，国民党军的水陆输送车由舰上泛水后，分波次成一列横队抢滩上陆，这样在解放军的炮火打击下每次都有几个目标被毁伤。

另外，有的水陆输送车还在海中翻沉。如一辆满载新闻记者的输送车沉没，当场就淹死记者6人（其中有南朝鲜记者1人，日本记者1人），一时在台湾和国外新闻界引起了轰动，同时也更增加国民党的恐慌情绪。

国民党军在其水陆输送车连遭打击的情况下，又不得不改变抢滩上岸的方法，其运输舰在距金门更远的海面放下减少装载量的水陆输送车（这样航渡时可安全些），然后由输送车在多方向以单个不规律的跃进方式上岸。这种运输方式确实可以大大减少遭受炮击的危险，可是运输量同样也大为减少。

由于海上运输量远不能满足金门守军的需要，台湾当局又只得加紧空投运输。自从9月3日金门机场在解放军的炮火打击下起降中断后，国民党空军就一直利用视度较差的天候（黄昏、拂晓或夜间）对金门进行低空空投。解放军炮兵和空军针对这一情况，反复研究了打击运输机和空投场的办法。解放军炮兵以加农炮和中口径高射炮在前沿配置，对金门岛上各空投场构成空中火网，国民党空军的运输机一临空，马上以浓密的炮火射击，使其无法空投或升高盲目空投。敌机逃走后，炮火马上转移打击空投场和着陆物资，杀伤地面人员。针对国民党空军夜间空投的情况，解放军在前沿岛屿和突出部也模拟国民党军的炮光信号，诱使其运输机误投。这样，从9月23日至29日，解放军炮兵不仅击落国民党军运输机1架，击伤2架，而且使国民党空军的运输机投下的物资损失甚多，有许多还投到解放军阵地上来。台湾当局的空投计划没有一天能够如数完成。金门国民党军一天中最多只能得到100余吨空投物资，杯水车薪，无济于事。

随着金门守军遭封锁后处境日益恶化，美蒋之间的矛盾也日益激化了，已经公开表现出美国企图在金、马脱身，而蒋介石坚持不撤，仍想以金、马把美国拖在中国内战中。